Pero como nada es perfecto y siempre quedan cabos sueltos, la Compañía hizo un mal movimiento en su tablero de ajedrez. Y aquella ficha suelta sería nada más ni menos que la de Michel Scofield quien no estaba dispuesto a dejar morir a su hermano en prisión y menos por un asesinato que él estaba seguro que no había cometido.

Razón por la cual decide de incriminarse en un delito para poder acceder justo a la Penitenciaría Estatal Fox River, una prisión ficticia de máxima seguridad, de nivel 1. La cual estuvo inspirada en la historia real de Carandiru, una prisión en Brasil, que resultó ser más violenta que Prison Break. Qué para esta época seria comparada con el Delfín Negro, la prisión más dura de Rusia.

Es allí dentro donde comienza a ejecutar el plan de escape que venía estudiando hacía bastante tiempo, teniendo espacio suficiente para que le tatuasen los planos en su espalda. Llevando todo a la perfección con algunos inconvenientes que pudo ir solucionando paso a paso. Logrando así la fuga con algunos presos entre ellos su hermano Lincoln y otros que se fueron sumando al plan orquestado por la mente maestra de Michael Scofield.

Ya después vendría la historia sobre estos fugitivos conocidos como los 8 de River (The Fox River 8), en donde las autoridades irían tras ellos, a la cabeza de un gran agente del FBI, Alexander Mahone quien entendía muy bien sus formas de operar y moverse dentro de los Estados Unidos. Pues no era una tarea fácil ya que todos perseguían metas diferentes.

Después es que resultan algunos de los capturados como Michael Scofield en una cárcel panameña llamada Sona, en donde se le pide a Michael sacar de allí a un misterioso hombre llamado James Whistler, que parece trabajar con un Cartel.

• B: Boron
• Ar: Argon
• Ga: Gallium
• In: Indium

Que según palabra de Michael Scofield asegura que si se consigue la combinación de todos esos elementos por medio de células solares se puede obtener toda la energía del Sol en la Tierra. Creando así una diferente forma alternativa de energía sostenible y renovable utilizando el 100% del poder del sol.

Después de llevar una vida aparentemente tranquila vemos cómo el gobierno encarcela injustamente a Sara Tancredi, la mujer de Michael Scofield por asesinato, de modo que este debe utilizar nuevamente su ingenio para sacarla de allí. Al final de la historia, este logra hacerlo al sacrificarse y morir electrocutado. Consiguiendo así desbloquear la puerta que dará la libertad a la madre de su hijo. Pero esta muerte parece ser otra maniobra de la Compañía, quien llegó a un trato con él: si permanecía muerto a los ojos de los demás, dejarían así en paz a su mujer, Sara Tancredit y su hermanos Lincoln Burrow.

Han pasado 7 años y todos continúan sus vidas sin Michael Scofield. Sarah se ha casado de nuevo y vive con su marido (que es tan listo como su padre) y su hijo Michael. Y su ex-cuñado Lincoln Burrows ha vuelto a su pasado delictivo. Pero sucede un evento que lo cambiaría todo T-Bag (Robert Knepper), uno de los ex-fugitivos de Fox River, recibe una carta que le revela que Scofield seguiría vivo. Por otro lado, Lincoln Burrows como siempre metido en líos de nuevo en Chicago, se cruza con T-Bag y descubre lo que ha sucedido. Este inmediatamente corrobora que no hay ningún cuerpo donde supuestamente estaba enterrado su hermano. Decide entonces con sus compañeros de prisión, Sucre y C-Note ir al rescate de su hermano.

Todo parece indicar que en el lapso de ese tiempo Michael Scofield no ha tenido la tranquilidad que quería pues sería ahora utilizado por la CIA para liberar a sus agentes de diversas cárceles alrededor del mundo (Colombia y Egipto entre otras). Todo eso bajo las órdenes del misterioso Poseidón, quien se revela como el villano en esta última temporada. Sería este quien crea la falsa identidad de Kaniel Outis, para poder ingresar a Michael en la Prisión de Yemen y de Ogygia. Y así poder liberar al jeque Abu Ramal y a una serie de terroristas que el mismo FBI habría encerrado, para poder así hacerles la guerra y cobrar un cuantiosa cantidad de dinero extra.

Teniendo así casi el control absoluto de su ficha principal, Michael Scofield, a quien tiene amenazado con su familia si no cumple sus exigencias. Pues Jacob con su ingenio y simpatía busca la manera de acercase a su mujer Sara Tancredi, Para seguir manejando a su antojo a Michael Scofield.

Resulta así que este agente de la CIA encubierto no es ningún profesor de economía como creía Sara, resulta ser Poseidón, la mente maestra que esta moviendo todos los hilos para llevar a cabo sus planes.

Pero todo no sale como esperaba cuando uno de los planes de Michael se complica allí en la prisión, razón por la cual decide dejarlo a la deriva en esa prisión, pues nunca acepto que Michael fuera más listo que él. Por lo que decide dejarlo allí de por vida moviendo todos los hilos del poder para lograr su cometido.

Al final Michael obtiene evidencia contra Jacob, usando sus tatuajes, que eran la lectura facial del villano, para ingresar al sistema de seguridad y obtener todos los documentos y discos duros que lo incriminan en el FBI. Así, denuncia a su rival, que es detenido y enviado a Fox River. Mientras Michael Scofield demuestra su propia inocencia y acaba libre, junto a Sara y su hijo. Para poder vivir así tranquilamente pues su verdad ya esta comprobada.